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    生物信息学分析

    SmallRNA分析

      SmallRNA是一类长度在20~30nt的RNA分子,主要包括miRNA、siRNA和piRNA等。SmallRNA能够调控基因的表达,在细胞的生长、发育、代谢等基础生物学过程中扮演着重要的角色,甚至在癌症等相关疾病形成过程中起着关键的作用。第二代高通量测序技术省去了烦琐的SmallRNA克隆文库构建过程,可以一次性产生上百万条SmallRNA序列,能够快速鉴定特定条件下表达的已知SmallRNA并发现新的SmallRNA,同时还可以研究不同条件下SmallRNA的表达差异,并可以联合表达谱数据进行关联分析。

      有以下种类:

     。1)差异表达miRNA的聚类热图分析

     。2)差异表达miRNA调控靶基因分析和结合位点预测分析

     。3)差异表达miRNA的功能富集分析

     。4)竞争性内源RNA(competingendogenousRNA,ceRNA)分析

     。5)转录因子(TF)-miRNA分析

     。6)其他分析如:miRNA活性分析,miRNA功能协同网络分析,miRNA共表达分析,miRNA结构预测等等。

      

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