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  • 杰凯生物          科研服务
    详细内容

    生物信息学分析

    SmallRNA分析

      SmallRNA是一类长度在20~30nt的RNA分子,主要包括miRNA、siRNA和piRNA等。SmallRNA能够调控基因的表达,在细胞的生长、发育、代谢等基础生物学过程中扮演着重要的角色,甚至在癌症等相关疾病形成过程中起着关键的作用。第二代高通量测序技术省去了烦琐的SmallRNA克隆文库构建过程,可以一次性产生上百万条SmallRNA序列,能够快速鉴定特定条件下表达的已知SmallRNA并发现新的SmallRNA,同时还可以研究不同条件下SmallRNA的表达差异,并可以联合表达谱数据进行关联分析。



    有以下种类:

     。1)差异表达miRNA的聚类热图分析

     。2)差异表达miRNA调控靶基因分析和结合位点预测分析

     。3)差异表达miRNA的功能富集分析

     。4)竞争性内源RNA(competingendogenousRNA,ceRNA)分析

     。5)转录因子(TF)-miRNA分析

     。6)其他分析如:miRNA活性分析,miRNA功能协同网络分析,miRNA共表达分析,miRNA结构预测等等。

      


    GWAS-差异SNP位点注释及可视化

      全基因组关联分析(Genome-wideassociationstudy)是指在人类全基因组范围内找出存在的序列变异,即单核苷酸多态性(SNP),从中筛选出与疾病相关的SNPs。并对其进行注释以及可视化。

     


    数据深度分析

     。1)microRNA靶基因预测

      microRNA可以通过与mRNA结合的方式,起到降解mRNA或抑制mRNA翻译的作用。microRNA靶基因预测分析通过整合多个数据库的信息,预测差异表达microRNA可能结合的靶基因。

      本研究服务与测序公司或芯片公司提供的基础的靶基因预测不同(通常采用一些常规的miRNA数据库进行预测),我们会结合芯片或测序的结果,以及作者提供的样本的生物学特征,以及梅斯医学独有的预测和分析技术,为客户提供具有高价值的预测结果,有助于开展下一步临床工作。

      

      (2)表达谱深度分析

      在常规的GO(Geneontology)和KEGGPathway分析基础上,根据基因功能及基因定位,分析潜在临床意义或科学意义的基因功能表达簇,方便研究成果的发表,以及下一步进行有计划地深入研究。

      本分析结果提供给客户一组有明确意义的差异基因。不同于常规分析出大量的上调和下调的基因,有些基因表达有差异,但功能并不明确,有些可能是已明确功能,但是没有太大的创新性的;蛘咦霰泶锲缀,没有进行深入地挖掘,致使大量数据闲置。

     

     。3)非编码RNA靶标分析

      非编码RNA(lncRNA、circRNA等)由于不翻译蛋白,所以有些功能还不清楚,此分析可以通过统计学方法,计算非编码RNA与编码RNA表达量的相关性,利用其共表达关系,推断非编码RNA的功能。

      

     。4)蛋白互作与共表达分析

      1通过统计学方法,计算基因之间表达量的相关性,构建共表达网络,以推断未知基因的功能。

      2蛋白互作网络图:蛋白之间的相互作用是在很多生物过程的基础性作用,有许多重要的生物功能。此分析利用生物信息工具,构建蛋白互作网络图,帮助推断差异蛋白的功能。

     


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